Sau khi đảm bảo quyền kiểm soát khối Thịnh vượng chung, Báthory tăng cường quyền lực của mình dưới sự phò tá của Tể tướng Jan Zamoyski, người sẽ sớm trở thành một trong những cố vấn đáng tin cậy nhất của nhà vua[6]. Báthory (Batory) tái tổ chức tư pháp bằng cách thành lập các tòa án pháp lý (Tòa án Hoàng gia năm 1578 và Toà án Lithuania năm 1581)[7]. Trong khi quyền lực của vua vẫn còn bị hạn chế bởi Nghị viện, Nghị viện đã cho phép nhà vua cải cách quân đội, bao gồm việc thành lập wechbraniecka piechota, một bộ binh gồm có nông dân. Báthory hiện đại hóa quân đội theo mô hình của công quốc Transylvania[8]. Ông cũng thành lập Học viện Vilnius, trường đại học thứ ba trong Khối thịnh vượng chung, biến một trường đại học dòng Tên thành một trường đại học lớn. Ông thành lập một số trường cao đẳng dòng Tên khác, và tích cực tuyên truyền Công giáo, đồng thời tôn trọng chính sách thịnh vượng chung của quốc gia, ban hành một số nghị định bảo vệ người Do Thái Ba Lan và chống lại bất kỳ bạo lực tôn giáo nào.

Trong quan hệ đối ngoại, Báthory thi hành chính sách đối ngoại hòa bình. Mặc dù không ưa gì họ Habsburg, nhưng quốc vương Stefan Batory duy trì quan hệ tốt đẹp của khối Thịnh vượng chung với người láng giềng phương Tây của mình, mối quan hệ này sẽ còn được người kế vị Hoàng đế là Rudolf II của đế quốc La Mã Thần thánh tiếp tục[9]. Một số cuộc khởi nghĩa của nông dân ở biên giới phía đông nam Đế quốc Ottoman đã nhanh chóng bị Batory dập tắt ngay vì không muốn có xung đột biên giới Khối thịnh vượng chung - Đế quốc Ottoman. Quốc vương cũng đề nghị Nghị viện Ba Lan cấp cho một khoản kinh phí để chuẩn bị một cuộc chiến không thể tránh khỏi với Sa hoàng Ivan IV của Nga của nước Nga Sa hoàng[5].

Với quê hương Hungaria, quốc vương được sự giúp đỡ của một số cố vấn người Hung đã chuẩn bị kế hoạch tái thiết quê hương, nhưng tình hình quốc tế không thuận lợi đã không cho phép ông có ý định thúc đẩy bất kỳ kế hoạch phát triển quê hương[10]. Ngoài tiếng Hungary, ông còn thông thạo tiếng Latin, và nói tiếng Ý và tiếng Đức; ông chưa bao giờ học tiếng Ba Lan[8].

Quốc vương Stefan Batory được mô tả là người sống tiết kiệm, chỉ ham săn bắn trong lúc rảnh rỗi.